六月
晋廷的实质控制者王敦患病，多日卧榻不起，待到病情稍愈时，为了稳固自己在晋廷的势力，决议消除朝中的一大势力，义兴周氏。
义兴周氏在朝中的势力十分强盛，特别是常年把持着会稽内史一职，势力很大。
六月二十一日
在幕府谋臣钱凤的建议下，王敦终于下决心要铲除周氏，为后嗣子孙消除祸患。
他先是指使庐江太守李恒，诬称周氏勾结妖道李弘图谋不轨。
又将他幕府中的谘议参军周筵捕杀，并派心腹沈充带兵前往义兴尽杀周氏子弟。
做完这一切后，王敦派兵突袭会稽，攻杀了会稽内史周札，扫清了将来的祸患。
随着病情不断反复，王敦也知道自己大限将至，行为举止愈加疯狂，凡是有反对自己的苗头，一概掐灭。
先后杀害了天子司马绍的心腹冉曾、公乘雄等人，又以“三番休二”的方式减少宿卫的当值兵力，保证司马绍在自己的掌控之中。
十月五日
王敦病势愈来愈重，因为自己没有子嗣，遂矫诏拜养子（兄王含之子）王应为武卫将军，作为自己的继承人。
在病榻上，王敦认为王应年少难当大事，于是和钱凤、沈充等谋臣商议出了身后的三套方案：
上策为放弃兵权，复归朝廷；中策为退回武昌，拥兵自守；下策为举兵东下，颠覆朝廷。
最终经过讨论，钱凤等人认为下策才是最好的方案，遂与沈充决定，在王敦死后发动叛乱，彻底颠覆晋廷，拥立王应为帝。
殊不知，他们的交谈被一个有心人所知。
他就是王敦的堂侄王允之（王舒之子），王允之假装酒醉沉睡，骗过了王敦，之后又以回京探父为由回到建康，通过王舒、王导将王敦等人的图谋报告给了司马绍。
由于王敦的所作所为与琅琊王氏大相庭径，所以大多王氏子弟对王敦都并不热衷，甚至将其视为王氏的大敌。，
司马绍闻之心中忐忑不安，昼夜难眠，当夜就传诏王导、王舒、郗鉴、温峤等对王敦行事多有不满的重臣。
派心腹将他们从皇宫中侍宦所走的宫门，悄悄引入密室，一起商讨反制措施。
最终司马绍决定讨伐王敦。
他准备亲自驻屯于台城宣阳门外的中堂；
以王导为大都督，总领征讨诸军；
以郗鉴为卫将军，统领从驾诸军；
以温峤为中垒将军，与右将军卞敦负责守卫石头城；
以光禄勋应詹为护军将军，负责守卫建康城南的朱雀桥（秦淮河上的浮桥）；
命徐州王邃、豫州祖约、兖州刘遐、临淮苏峻、广陵陶瞻等边军镇将率部入卫建康。
于此同时，司马绍一面命侍中陈晷、散骑常侍虞騑去探问王敦病况，一面却微服到芜湖察看王敦大军的营垒预作讨伐的准备，还不断派遣大臣去询问王敦的起居。
太宁二年
六月
王敦以左司马温峤为丹阳尹，意图借此监视朝廷动静，却不知温峤早已归附司马绍。
司马绍认为时机已到。
六月十三日
司马绍下达《征讨国贼王敦及其诸党羽诏》，将王敦及其党羽钱凤、沈充、王含、王应等人视为“大逆”并重金悬赏这些人的首级，许下了爵位、田亩的重赏。
同时，为了消除将士对王敦的畏惧之心，对外宣称王敦已死，只是以钱凤等人为讨伐对象。
传言，钱凤等人秘不发丧，打着王敦的旗号，叛乱。
为了让将士们更加相信，王导率宗族子弟为王敦发丧。
晋军将士对王敦的“死讯”信以为真，顿时士气大振。
得知司马绍下诏讨伐自己，王敦大怒，一再想亲自出面，但奈何病情沉疴，无法领兵，只得以诛杀温峤等奸臣为名，再次举兵。
以王含为元帅，与钱凤、邓岳、周抚等率五万大军向建康进发，并暗示钱凤等在破城后杀死司马绍。
另一党羽沈充，也再次于吴兴起兵，直逼建康。
七月
王含、钱凤等军水陆并进，很快便攻至建康，屯于秦淮河南岸。
温峤因宿卫兵力薄弱而所征边军尚未抵达。决定移驻北岸，并下令烧毁朱雀桥，与叛军隔河对峙。
期间，王导多次以琅琊王氏族长的身份，试图劝降王含。
但王含为了自己儿子王应的地位，并未答应。
七月二十三日
司马绍出屯南皇堂，命将军段秀和中军司马曹浑等率数千甲卒，乘夜渡河袭击叛军。