永昌元年六月中旬，天子下诏改进官制，议定一处、三阁、六部的百官格局。
一处，即军机处，大汉帝国最高权力机构，辅佐皇帝处理军国大事。设九名军机大臣，地位最尊崇者称为军机总—理，或由三阁六部之人兼任，或单独提拔；诏以大丞相林宁为军机总—理，武涉、戏志才、徐庶、沮授、田丰、田畴、董昭、刘晔等八人为军机大臣，组成军机处第一届领导班子。
三阁，即龙图阁、文渊阁和东阁。中—央和地方官吏功绩卓著者经推举入龙图阁，复核圣旨，与皇帝共参国政，下设枢密院；学识渊博、博览群书者经考试入文渊阁，起草圣旨，修史立传，下设翰林院；太子居东阁，故入东阁者由天子指定，阁老会被授予太子太师或太子少师的头衔，辅佐、教习太子。三阁各定阁老一人，阁臣两人，一正两副，阁老授予大学士头衔，直接对军机处负责。六部，即吏部、户部、兵部、刑部、礼部和工部。六部各有尚书一人，副职两人，即左侍郎和右侍郎；六部之下管辖各省，正职“知某某省事”，简称知事，副职佥事。三阁六部没有上下级关系，均向军机处负责，军机处向皇帝负责；六部表章可由三阁处理并附上建议，再呈送军机处；三阁皆参与立法，非经三阁附署之律法条例，不得颁布天下。另设有议政院，设院卿一人、议政大夫六人主持事务，或有州郡名宿、功勋致仕者，皆可进入，暂定两百个席位，为万民发声，凡议政院表决超过三分之二的章议，不经军机处便直送御前；议政院之权利，又有：凡涉及律法订立、变更，非议政院表决副署，不得颁行天下；凡军国重事，国计民生，非议政院表决副署，不得擅动兵戈。
由此可见，军机处虽然居于帝国最高地位，下面有三阁和议政院互相牵制，想为所欲为也不是那么容易的。当然，林宁在世，所谓的规矩对他来说也就不是规矩，他可以绕过去，也可以强行打破，全看他的个人意愿。
龙图阁由陈宫担任阁老，授予龙图阁大学士头衔，文渊阁由蔡邕担任阁老，授予文渊阁大学士头衔，东阁则由崔琰担任阁老，授予东阁大学士头衔，迁太子少师。另有，顾雍担任吏部尚书，辛毗担任刑部尚书，阎忠担任兵部尚书，审配担任户部尚书，刘德然担任工部尚书，糜竺担任礼部尚书。三阁六部的第一届领导班子，随之形成。
议政院院卿由阴夔担任，刘虞、孔融、王修、管统、管宁、司马孚等六人出任议政大夫。
诏令组建三法司，独立运转，除了皇帝，任何部门不得干涉三法司日常事务。三法司即大理寺（最高审判机关）、御史台（最高检察机关）
和刑部（最高公安机关），大理寺设大理寺卿一人，大理寺少卿六人，由陈群出任大理寺卿；御史台设御史中丞一人，御史大夫六人，由张汛出任御史中丞，刑部尚书由辛毗担任。比较特殊的部门，即神秘的谍报机关锦衣卫，直接向皇帝和军机处负责，设锦衣卫指挥使一人，统制使四人，由庞淯出任锦衣卫指挥使；晋王林宁以内卫作为仪仗、护卫力量，设内卫大统领一人，副统领两人，偏将军许褚出任大统领，陈武升左中郎将任左副统领，周仓升右中郎将任右副统领。
又有晋王府直卫，分为三部，作为晋王的直属武装力量，拜马腾为上将军，统领三部直卫，名义上隶属大都督府。参谋—部改组参谋总部，由韩遂出任参谋**，拜李清军师将军，正式出任**法官，执掌军法局，二者皆隶属大都督府。
天子禁军分为羽林军和虎贲军，各不过一千人，合计两千三百人左右；设光禄勋一人，执金吾四人，袁术出任光禄勋，马岱、阎行、王晨、司马懿担任执金吾，各领一部禁军。
又建成大都督府，设大都督一人，长史五人，司马八人，仆射十三人。大都督由吕布出任，拜骠骑将军，总—统天下兵马。马超、黄忠、公孙瓒、张辽、高顺任长史，封五虎上将；太史慈、徐荣、麴义、乐进、颜良、文丑、张郃、高览任司马，封八彪骑；蒲亮、波才、管亥、许定、孙立、徐和、于禁、张燕、阎柔、王凌、庞德、臧霸、纪灵任仆射，封十三太保。
同时，封许褚、陈武、周仓、凌操“四大金刚”，位在五虎将之上。这四人都有统领内卫部队的经历，负责保护林宁的个人、家宅安危，除了凌操外放，其余三人仍在内卫供职。
北方十州，地方大员也多有调整。林宁不再兼任幽州牧，恢复刺史，由陈登出任幽州刺史，审荣任幽州都督。梁衍任并州刺史，何曼任并州都督；阎象任冀州刺史，吕岱任冀州都督；辛评任青州刺史，皇甫鸿任青州都督；杜畿任雍州刺史，凌操任雍州都督；耿武任豫州刺史，赵岑任豫州都督；司马朗任兖州刺史，糜芳任兖州都督；李儒任司隶校尉，巡抚司州，包括帝都洛阳的监察工作；董平任雍凉大都督、凉州牧，拜前将军，假节钺，一如从前；高顺兼任徐州牧，拜镇东将军，但收回假节钺之权。
有汉一朝，郡国并行。这次趁着大调整，林宁把控制区的封国全部废除，改制为郡，郡守任免由中—央说了算，刘氏王爷们保留王号，然后……然后就没有然后了。虽然日后闹出了一些乱子，从长远来看，是利大于弊的，至少工资是省下来了，财政有所宽裕。
初时，林宁势力深入辽
东，征服漠北，匈奴、乌桓、鲜卑等胡族皆俯首帖耳，不敢仰视。于是设立关外六州，随着时间的变化，林宁发现这种强行征服的手段过于酷烈，引起巨大反弹；这次便废除六州，改为三大都护府，即安东都护府、安北都护府、安西都护府，管理东起日本海、西至七河流域的广大地区。都护府设总督一人，授将军衔，巡抚不等，实施军镇制度，常年驻扎精锐部队。袁涣任安东总督，张既任安北总督，田豫任安西总督，恩威并施，尽快促成管辖区的改土归流工作。