其罪三、东林党撤销监察机构，官员贪污现象加剧。
天启皇帝驾崩后，以魏忠贤为首的阉党迅速倒台。至天启七年（167年）十二月，阉党基本被清算一空，于是崇祯帝组建了一个全新的，以东林党为首的内阁。
东林党人认为东厂等特务机构对官员的监察，就是对他们道德操守的严重怀疑，是对善于“修身”的读书人的一种侮辱，于是在这个全新内阁的建议下，崇祯撤销了东厂这个最大的监察机构，还有撤销分派往各地的其他监察机构和监察太监，例如各省的河道太监、茶税太监等。
傻乎乎的崇祯，后来大家对比东南府，发现这个家伙收税收得狠，而且成立了有史以来中国最大的情报系统保障了他的、东南府的安全，高下之分，皇帝不如小海贼！
之前嘉靖皇帝怀疑河道官员贪墨治河工款，于是派遣太监监督河工，这种监察让各地官员“深恶痛绝”，于是隆庆时期便被废除。万历皇帝亲政后，他要求各地河工款项一律要交由太监过目，甚至规定，一旦洪水过堤，则立即处死监督太监。
皇帝想杀臣民，并不是想杀就能杀，但TJ是家奴无人权，皇帝可以随便处置。
这个做法极大的“激发”了监督太监的工作热情，他们极力敲打工部和地方官员，这再次遭至了东林官员的憎恨，于是天启朝后河道太监再次被废。直到魏忠贤掌权之后，河道监察太监制度才再次恢复，不过随着魏忠贤阉党的失势，这项制度再次被废。
河道监察太监的被废，直接导致从天启元年开始到天启六年魏忠贤掌权之前，全国上下河道修缮基本荒废。而在崇祯撤回河道监督太监开始到李自成攻破京城为止，十七年间河道的修缮再次被荒废。
河道不修缮，河流决堤，形成水灾，灾民流离失所，活不下去，那就反了吧！
预防永远比事后补救要省钱和有效得多，可是东林党的衮衮诸公都看不到这一点。
其罪四、明末农民起义同样与东林党人有脱不开的干系
明朝灭亡，除了辽东与后金的战局不利外，最重要的原因就是明末天下各处的农民起义，而农民起义的全面爆发，同样与东林党人密切相关。
工商税的减少导致西北农业税加重，百姓苦不堪言。明末时期，南北发展差异巨大，北方依旧主要以传统农业为主，而南方的工商业则极为发达。而由于进入崇祯年间工商税再次被废除，且各地税监被撤回后，导致朝廷茶税、矿税、海关税等税收急剧减少，例如到崇祯十年（167年），仅浙江一省的茶税就从万历、天启年间的二十万两降到了每年十二两白银。
区区1两白银，一省的茶税，这可是出产茶叶的大省！
单是浙江的一个富春江茶就是一等品，你得明白，颜常武大力开拓茶路，得到了红毛番的积极响应（尤其是红毛番贵族，他们吃肉多，吃蔬菜少拉屎不出，喝茶就通便），一等品的茶叶卖到欧洲，甚至是一磅茶叶一磅白银，极品的是一磅茶叶卖一磅黄金！
明末由于小冰河时期的影响，天灾不断，再加上辽东战事紧张，朝廷处处要用钱，导致国库极为紧张。于是朝廷支出的重担就压在了农民身上，农业税从张居正时期的二百万两，一直攀升到崇祯十二年的两千三百万两，这还是在各地大灾小灾不断的情况下，这导致北方百姓尤其是西北百姓苦不堪言，简直到了卖子卖女也交不起税的地步，百姓活不下去，岂能不造反。
更有甚者，朝廷通过节省开支来维持运转，然而即使“节流”，东林党人也不愿触及自己的利益。在东林党人的主持下，“节流”被加在了基层小吏身上，例如驿站制度的改革，精简驿站支出。于是原本为银川驿站驿卒，以为捧着铁饭碗的李自成同志，就这样地光荣下岗了，没了工作的他，越混越回去，走上了造反之路，最终把他以前的大老板给送上了黄泉路。