1954年，米国在一次核武器实验中，意外唤醒了一只具有超强破坏力的巨兽——哥斯拉！
面对如此庞然大物，常规武器根本没有效果，为了将其消灭，米国动用了核弹。
然而最后仅能使哥斯拉沉睡于太平洋深处。
此后各国便联合展开所谓了“帝王计划”，以研究彻底消灭怪兽之方法。
1973年，苏墨青召唤出哥斯拉后，更是坚定了某些人执行“帝王计划”的决心。
不过史前巨兽数量稀少，要找到活物研究，并不是一件容易的事情。
直到1999年，菲律宾某矿区发生地震，参与“帝王计划”的学者芹泽市朗前往调查。
在陷坑中发现了虫形怪兽“穆托”的石化卵囊，然后军方秘密将其带回研究。
转眼数年，一群科学家围绕着穆托的蛹进行研究。
原本蛹内的穆托，一直以来都没有生命迹象，但不知为何，最近穆托却产生了生命拨波动，并且频率越来越频繁。
主管芹泽担心出现穆托复活，于是启动电网，意图杀死穆托，然而他失败了！
原来穆托一直在吸收废弃核电站的放射性能量，待到蓄积到足够的能量后，便发动【电磁脉冲】瘫痪了研究所内的电子设备，破茧而出。
一头怪兽，谁能料到对方有如此的智慧。
于是乎，米**方又一次成功给自己制造出了巨大的危机。
“昂~”
夜空中，恐怖的嘶鸣声响彻天地，只见穆托扇动双翼，行走之间，许多设备发生爆炸，掀起十数米高的火焰，许多工作人员直接被火焰焚烧致死。
火光中，穆托的身形展现在那些幸存下来的研究所工作人员眼中。
穆托与哥斯拉属于同一时代的怪物，以放射性能量为食。
同时也将卵寄生在哥斯拉身上，让卵吸食哥斯拉体内的能量，借以快速孵化，然后诞生更多穆托，所以哥斯拉与穆托从远古时期开始，一见面就不死不休。
穆托分为雄性和雌性。
相较而言，雌性穆托的体型较大，而雄性穆托体积较小，但却拥有飞行能力。
眼前的便是一头雄性穆托，它长着三角形的头和颚、散发红色的眼睛，有两对好似翼龙羽翼的巨大前肢，胸部上也长着一堆相对较为短小的副腕，外形风格接近昆虫，高约50米，展翼约260多米。
这只雄性穆托刚刚从沉睡中醒来，有些起床气，敲打着周围的一切。
人类的体积对穆托而言太过渺小，晒牙缝都不够，所以穆托也没有吃人的打算。
肆无忌惮的破坏一阵后，穆托吸收了废弃核电站残余的放射性能量，便双翅一振，向着太平洋彼端而去。
当穆托飞跃过太平洋的一片海域时，深达万米的海沟中，一双金色的巨大兽瞳猛然睁开。
多年前被米国核弹击沉的哥斯拉，感应到穆托身上厌恶的气息，从沉思中醒来。
与苏墨青的哥斯拉有所不同，这头哥斯拉为栖息于二叠纪的巨大生物，是当时处于生态系顶点的种族的末裔。
体内拥有原子炉一样的器官，可以自行生成巨大的热能。
在二叠纪生物大灭绝之际，哥斯拉藏到地底下，得以逃过一劫。
原本哥斯拉一直沉睡在太平洋的海底，可是由于现代的核试验过于频繁，导致地表放射能浓度上升，于是再次来到地上活动。