要让朝廷下弃保漕运的决心和让朝廷放弃运河，完全是两回事。京杭运河的功能，不仅是保漕粮运输，它还有一个作用不容忽视——将南北两京的空间距离拉的很短。
运河全部无法通航的时候，商贾行人在两地陆路通行时间从原先的十天一下子能拉长到一个月——这般低效绝对影响朝廷对整个江南这一赋税重地的治理，也影响南北的商品流通。
因此，潘季驯所谓弃保漕运，仅仅是说弃保漕粮运输。也就是说如果不用运河来运漕粮，那么就不必让三千里运河随时保持贯通状态——会极大的减少黄河的治理难度。
最初，为了满足朱翊钧保漕运、保祖陵、保民生的“三保”要求，潘季驯的第一版治河报告中，向朝廷提出的治河之法受限很大，他既不敢加高家堰大坝蓄水攻沙，又不敢扩大微山湖影响民生保运，因此所做的工作全数是小打小闹，修修补补，和朱衡的手段差不多。
即使朱翊钧这个半外行看来，这一版方案也无法解决黄、淮密集泛滥的问题。
万历时期的黄河，已经固定在新郑——徐州——淮安一线数百年，直到清末才在河南铜瓦厢再次决口北归，结束了黄淮合流的历史。
永乐十八年，成祖迁都北京，京杭大运河成为了命脉。而大运河中徐州到清口的长达五百里的运道，必须得到黄河水的接济才能保持畅通。
而黄河在两淮和鲁西南地区的横冲直撞，分流众多，严重影响漕运。
于是，这段时间明代朝廷的治水思路是“南堵北疏，抑河南行，以保漕运”，利用长堤约束，把淮河及其支流作为黄河洪水的下游通道。弘治帝和嘉靖帝分别修建金堤和南堤，就是这种思想指导下的产物。
这样思路和做法，带来的直接后果是将黄河的泥沙淤积到淮河下游，导致原来深广的淮河被淤积成地上河，淮河水系遭受了巨大破坏。而争不过黄河的淮河，又另辟蹊径，冲入长江，导致长江下游水流增大，给苏松地区也带来了巨大的防洪压力。
可笑的是，朝廷只要保住漕运，两淮地区生民之苦，根本不在明代朝廷的考虑范围内。永乐十四年，黄河在开封决口，泛滥十四州县，由涡河入淮。因未危及运道，当时朝廷居然听之任之，让黄河漫流四十余年，听之任之。
其后的正统、景泰、弘治、嘉靖年间，黄、淮河数次超级大水灾，朝廷的思路一直不变，仍以保运道为主，将黄淮大地的生民置之不理。
当时的豫东南、皖西北一带，简直成了水乡泽国，凤阳、泗州、淮安等地，长受灾患，朝廷漠视灾民流转哀号而不救。
后世广为流传的一段凤阳花鼓道出了明廷给生民带来的锥心苦楚：“说凤阳，道凤阳，凤阳本是个好地方，自从出了朱皇帝，十年倒有九年荒。大户人家卖骡马，小户人家卖儿郎”
这段歌词即为明人所写，第一句的原文为：“家住庐州并凤阳”，后世的邓丽君还根据这首民歌创作了流行歌曲《凤阳花鼓》。
随着潘季驯调研的深入，以及朱翊钧弃保漕运政策在脑海中逐渐成型，潘季驯在摒弃了“南堵北疏”治河思路的基础上，完整提出了后世让其得享大名的方案：加高加宽高家堰，积蓄洪泽湖水，利用洪泽湖水实施“束水攻沙”工程，刷深黄河淤积的水道，增大下游流量，从而减少两河泛滥。
这一治河思路，原时空一直被贯彻的满清末年。但在明代，有一个死结难以解开——高家堰加高，洪泽湖扩大加深，黄、淮河汛期到来时，会威胁到祖陵安全。因此，“束水攻沙”一直到明代灭亡，也始终是一个半吊子工程，黄淮河的泛滥还是多发。
朱翊钧和张居正等阁臣反复商讨，又请示了陈、李两位太后，到最后也下不了动迁祖陵的决心。——现在真要这么干，政治阻力太大了，说动摇国本都不为过。
但不迁祖陵，“束水攻沙”的效果就大打折扣，大明朝始终就要在这两条河流的威胁下苟延残喘，大量的资源投入到救灾补漏的恶性循环之中——这又是朱翊钧所不能容忍的。
而且，因为本时空潘季驯调研的比较深入，在第二版报告中，还提出了“束水攻沙”这一策略的短板。由于“黄淮合流”这一根源问题没有解决，且“黄强淮弱，黄高淮低”这一因素的作用，当汛期之时，淮河水道并不能全部容纳下泄的洪水，会导致回水倒灌洪泽湖，将洪泽湖的清水口淤塞。
长此以往，一方面影响“束水攻沙”的效果，另一方面水流变缓后，徐州以下还会形成悬河。
潘季驯在第二个方案被皇帝否定之后，终于再次大其心，这次终于大的没边了——他居然想用一连串堤坝工程和开挖新河，单独恢复黄河、淮河的入海通道！
具体思路是，先把黄河进入洪泽湖和原淮河的入水通道都截流，利用一连串的堤坝和旧河道，迫使黄河北上入海。然后以洪泽湖为枢纽，将淮河水放入旧河道，并截断淮河和长江的联系。
这一宏伟工程，将利用新开的加上以前的，共两条河道交替使用，来彻底解决黄河的淤积问题。施工方案如下：