德川幕府也不是瞎子，很快就弄清楚了事情的原委。只是幕府的反应很是诡异，并没有阻止这些武士和浪人的外流，就像完全不知道一样。即使朝鲜方面发来了质询的公文，也是一问三不知，甚至回文表示如果真是在外日本人骚扰济州岛，请朝鲜就地正法，绝无异议。
这些贫穷武士和浪人一直都是幕府头痛的问题，治安的隐患，现在这些人跑到济州岛去祸害朝鲜人，这是天大的好事，最好是永远都不要回来。死道友不死贫道，没有普天同庆就不错了，还想我去阻止，请恕我等无能了。
济州岛这边是有苦自己知，大量的富户跑到济州城，纷纷责怪济州知事和当地军队剿匪不力，以致匪患如此酷烈，害得自己损失如此惨重，捕，凡是被查到有恶迹的，不管是什么身份，统统都被砍了脑袋。要是口碑良好，即便是官员、富户也可以幸免，整个城市的风气居然为之一清，更是缴获和封存了大量的物资和财富。
占领整个济州岛的大谷与一立刻整顿秩序，扩充兵员，开出高额的奖励全岛通缉残余敌人和逃跑的官员大户。并立刻兑现了战前的承诺，当场发下大量的钱财和土地契约，反正岛上现在的无主田地多的是。拿到这些钱财和土地的士兵士气更加高涨，更是叫嚣着要打到本土去，头铁的一塌糊涂。
很快大批的军官被派到各个村寨，代替原来的地主和官员行使管理职能，防止权力真空下不可预见的破坏，宣示大谷与一的统治权力。
对于这些下放的军官，大谷与一严令不得危害地方，残害百姓，一旦发现，直接砍头。也不得擅自征收钱粮，一切等自己的命令。
大谷与一和随军镇抚司人员现在非常明白，朝鲜吃了这么大的亏，绝对不会善罢甘休，后续绝对还会有大军到来。自己的后方一定不能乱，宁可损失一点利益也要暂时稳住这些朝鲜百姓，反正缴获的钱粮还可以维持很长的时间。