第一次常参会议处理了吏部事务，第二次常参会议自然要处理兵部事务。这是目前被纳入常参会议的两个部门，朱由检要直接插手部务，造成既定事实。
所以九月五日，朱由检在武英殿召集大学士、九卿和兵部、兵科、五府等相关人员，召开第二次常参会议，处理这几日积压的兵部事务。
首先是九月二日的奏报，两广总督商周祚送来红衣铜铳二门、铁铳八门并铁弹什物等项，朱由检向兵部官员询问道：
“这些武器是谁要求商总督送来的？准备做什么用？”
兵部尚书崔呈秀昨日参加常参会议回去，便以自己被参劾为由，上表请求回乡守制，今日没有参加会议。
兵部左侍郎加兵部尚书衔田吉是魏忠贤义子、阉党五虎之一，不到一年就由职方司郎中加衔兵部尚书，平日里有时间就去讨好魏忠贤，如何能知道这件事的始末？一时讷讷不言，后背冷汗涔涔。
兵部右侍郎加兵部尚书衔吕纯如也不清楚这件事的始末，只能向皇帝道：
“陛下，这些武器应该是商总督知道朝廷有战事，特意采买进献的。”
“陛下应嘉奖商总督，武器贮存备用。”
朱由检听得眉头大皱，说道：
“什么是应该是？”
“兵部的事务，平时就这么粗疏吗？”
吕纯如无法回答，只能低头不言。
前任蓟辽总督、如今协理京营戎政加兵部尚书衔阎鸣泰这次列席会议，见此便提议道：
“陛下，追究事情缘由不是急务，只需发文询问商总督便可知道究竟。”
“这些武器既然送来了，臣以为应该发到京营或者辽东前线，方能物尽其用。”
朱由检微微点头，不再继续追究。心里却对兵部这些官员失望透顶，别看这些人一个个加兵部尚书衔，听起来像是大员，遇到事却没有一个顶用的，完全是废物一群。
更加坚定了召回袁可立的念头，朱由检向众人道：
“武器就先储存在兵仗局，派人嘉奖商周祚，让他注意搜集各式铜铳、铁铳，尤其是不用火绳自发火的火铳。”
“所有火铳和火炮搜集好后，由兵仗局测试威力明确用途，确定大明制式火炮和火铳，制造出来给前线将士使用。”
“这件事关乎前线战力，不能疏忽大意，给兵部增加一位专督侍郎，专门负责火器等军械。”
“这个侍郎的人选，就在明日廷推吧！”