整顿辽东将门事关重大，朱由检担心有人泄密，让低品级的官员和内侍退出去，只留下几个记录的起居注。
又让参加会议的锦衣卫百户、辽东卫尉署都尉骆养性巡视武英殿周围，朱由检嘱咐孙承宗道：
“孙卿去辽东督师，第一件事就是清理辽东拥兵自重的议和派”
“不能让他们养寇自重，拿着朝廷的饷银，一直和后金僵持下去。”
想到祖大寿历史上在大明和后金之间反复横跳，朱由检觉得此人一定和后金有联系，说不定还有什么秘密协议，又说道：
“袁崇焕遣僧吊祭、借机议和的事情，辽东一定有人配合，而且和建虏存在联系。”
“孙卿要把这条线挖出来，以此为突破口，整顿辽东将门。”
群臣闻言失色，终于明白了皇帝为何让其他官员退出去。
这分明是怀疑辽东那边有奸细，所以辽东战事，才会僵持下去。
就连认为袁崇焕辱国非计的袁可立，也没有想到这一层，立即向皇帝道：
“陛下不当随意怀疑大臣！”
“若是传扬出去，辽东局面危矣！”
朱由检摆了摆手，说道：
“若是有人通敌，暴露出来是好事。”
“若是没有人通敌，辽东不会因为朕几句话生乱。”
“不过这件事到底是机密，刚刚听到的官员，不要传扬出去。”
“前些日子武清侯的事情你们也应该知道，如果再次泄密，朕就只能让锦衣卫保密司一直跟着你们。”
因为常参会议决定泄露的事情，皇帝派锦衣卫以保密司的名义盘查与会群臣。在场的大臣基本都被问到过。想到那件事情，仍旧心有余悸。
好在最终宫里面排查出泄露消息的宦官，他们才没有一直担着嫌疑。不过他们对锦衣卫保密司，还是有了认识
这个在锦衣卫北司房情报中心仅次于统计司的衙门，第一次显露在大明官员面前。以后随着保密司的完善，它的权力将逐步展现。
把这件事定为机密，朱由检警告官员不要泄密，不能像没参加会议的人提起。又向被唤来殿里的锦衣卫指挥佥事、东北镇抚使张道浚道：
“你去辽东要做的第一件事，就是切断辽东将门和建虏的联系。”
“当年魏良卿因为武长春案，冒宁远功封爵。这件事虽然荒诞，却显示建虏招降了不少汉人，他们借着以前的关系，和大明不少人有联系”
“甚至可以说，建虏在大明有一个情报网络。”
对此非常肯定，朱由检知道后来建虏数次入关，一定有不少人配合，嘱咐张道浚道：
“这个情报网络，很可能是武长春的岳父、叛贼李永芳执掌。”
“此贼曾说动不少人反叛，辽东很多城池就是那些人配合着丢失的。”
“张指挥的父亲张铨，就是因此在辽阳遇难。”
“到了辽东要好好调查，不能放过任何一点嫌疑。”
“以后伱这个东北镇抚使的对手，就是那个李永芳。”
给张道浚安排了任务，还特意点明他的父亲就是因此遇难。张道浚听得眼睛都红了，向皇帝保证一定会揪出后金奸细。
提到武长春的案子，朱由检又向房壮丽和袁可立道：
“吏部和兵部要加强官员背景调查，不要什么人都任命官职。”
“所有官员都要有完整档案，而且要有认识他们的证明人。”
“先从朝堂上官员开始，审查阉党时建立档案。”
“以后档案不清晰、有过失、有嫌疑的官员，不得接触机密。”
“锦衣卫统计司、保密司、官情司，参与档案管理。”
顺手给吏部和兵部加了职责，又把锦衣卫派进去，朱由检向孙承宗道：
“辽东中低级军官暂且不说，营级参将以上，都要有完整的档案。”
“这些将领之中，按籍贯出身统计，出身关内的不能低于一半。”
“所谓的以辽人守辽土，不能变成以辽将守辽土，用辽饷养肥辽东将门。”
孙承宗面带苦涩，说道：