总而言之，从上到下，一片人心惶惶。很多人都认定，在这件事情的背后，有很深的政治背景。
确实如此。
这是明代历史上一件著名的政治疑案，至今仍无答案，但从各种蛛丝马迹之中，真相却依稀可辨。
可以肯定的是，这件事情应该与郑贵妃无关，因为她虽然蠢，也想闹事，却没捕，而且还一反往日装孙子的常态，明目张胆地对沈鲤的亲信、礼部侍郎郭正域下手，把郭侍郎的老乡、朋友、下属、仆人全都拉去审问。
在这个不寻常的行动背后，是一个不寻常的算盘：
如果事情是沈鲤干的，那么应该反击，这叫报复；如果事情不是沈鲤干的，那么也应该反击，这叫栽赃。
在这一光辉思想的指导下，斗争愈演愈烈，沈鲤的亲信被清算，他本人也未能幸免。锦衣卫派了几百人到他家，也不进去，也不闹事，就是不走，搞得沈鲤门都出不去，十分狼狈。
但沈鲤先生如果没两把刷子，是不敢跟首辅叫板的。先是朱常洛出来帮忙叫屈，又传话给东厂的领导，让他们不要乱来；后来连万历都来了，直接下令不得骚扰沈鲤。
沈一贯碰了钉子，才明白这个冤家后台很硬，死拼是不行的，他随即转换策略，命令锦衣卫限期破案——抓住作案人，不怕黑不了你。
可是破案谈何容易，妖书满街都是，传抄者无数，鬼才知道到底哪一张纸才是源头。十一月十日案发，查到二十日，依然毫无进展。
东厂太监陈矩、锦衣卫都督王之桢急得直跳脚，如果还不破案，这官就算当到头了。
二十一日，案件告破。应该说，这起妖书案是相当的妖，案发莫名其妙不说，破案也破得莫名其妙。
二十一日这天，先是锦衣卫衙门收到一份匿名检举信，后又有群众举报，锦衣卫出动，这才逮住了那个所谓的真凶：生光。
生光先生是什么人呢？答案是——什么人都不是。
这位仁兄既不是沈鲤的人，也不是沈一贯的人，他甚至根本就不是官员，而只是一个顺天府的秀才。
真凶到案，却没有人心大快，恰恰相反，刚刚抓到他的时候，朝廷一片哗然，大家都说锦衣卫和东厂太黑，抓不到人了，弄这么个人来背黑锅。
这种猜测很有道理，因为那封妖书，不是一个秀才能写得出来的。
那年头，群众参政议政积极性不高，把肚子混饱就行，谁当太子鬼才关心，更何况沈一贯和朱赓的关系，以及万历迫不得已才同意立长子这些情况，地方官都未查，家里翻个底朝天，虽说没找到妖书，但发现了一批文稿，据笔迹核对（司法学名：文检），与妖书的初期版本相似（注意，是相似）。
之后是走访当地群众，以秀才平日的言行，好话自然没有，加上这位兄弟又有前科，还进过号子，于是锦衣卫最后定案：有罪。
案子虽然定了，但事情还没了结，因为明朝的司法制度十分严格，处决人犯必须经过司法审讯，即便判了死罪，还得由皇帝亲自进行死刑复核，这才能把人拉出去咔嚓一刀。
所以万历下令，鉴于案情重大，将此案送交三法司会审。之前提过，三法司，即是明朝的三大司法机关：大理寺、都察院、刑部，大致相当于今天的司法部、监察部、最高人民法院等若干部门。三法司会审，是明代最高档次的审判，也是最为公平的审判，倒不是三法司这帮人有啥觉悟，只是因为参与部门多，把每个人都搞定，比较难而已。例如当年的严世蕃，人缘广，关系硬，都察院、大理寺都有人，偏偏刑部的几个领导是徐阶的人，最后还是没躲过去。
相比而言，像秀才这种要钱没钱、要权没权的人，死前能捞个三司会审，也就不错了，结案只是时间问题。
可是这起案件，远没有想象中那么简单。
一到三法司，秀才就不认账了。虽说之前他曾招供，说自己是仇恨郑国泰，故意写妖书报复，但那是在锦衣卫审讯时的口供，锦衣卫是没有善男信女的，也不搞什么批评教育、政策攻心，除了打就是打，口供是怎么来的，大家心里都有数。现在进了三法司，看见来了文明人，不打了，自然就翻了案。
更麻烦的是，沈一贯和朱赓也不认。这二位明显是被妖书案整惨了，心有不甘，想借机会给沈鲤点儿苦头吃，上疏皇帝，说证词空泛，不可轻信，看那意思，非要搞出个一二三才甘心。所以在审讯前，他们找到了萧大亨，准备做手脚。