这个变动有些大，很多人有些接受不了。皇帝今天的改动实在太多，他们担心这是个乱改官制的建文君，内阁首辅黄立极劝谏道：
“陛下，大理寺、太常寺重要，方能定为正三品。”
“光禄寺、鸿胪寺这些，不宜提升品级。”
光禄寺卿和鸿胪寺卿听到这话，顿时气得冒烟。其它部门都不说，就说他们两个，这是看不起他们，不想让他们办事吗？
但是想想光禄寺也就负责膳食宴席、鸿胪寺也就负责典礼仪式，他们实在提不起底气，没法理直气壮地说自己和大理寺同样重要，能和它们并列。只能眼巴巴地看向皇帝，希望皇帝独断。
朱由检想了一下，没有如他们所愿。而是从太仆寺开始，逐个改动官职：
“太仆寺和太常寺一样提升为正三品，原北京太仆寺卿、南京太仆寺卿不变，仍旧还是从三品，负责北方马政和南方马政。”
“各地行太仆寺、苑马寺，以及兵部车驾司、各地茶马司等与马政相关的机构全部划归新太仆寺，统一全国马政。”
“兵部车驾司的驿站邮传等职责也由新太仆寺接管。”
这样一个负责全国马政和驿站邮传的机构，足以成为正三品衙门。太仆寺是人人高兴，车驾司郎中在朱由检任命他担任正四品太仆寺少卿后，同样高兴不已。但是无缘无故丢掉一个司的兵部，就不是那么高兴了。
虽然兵部尚书不在，侍郎也碌碌无为，他们却还要争一争，免得兵部人人抱怨，认为他们窝囊，在兵部丧失权威。
面对吕纯如等人的抱怨，朱由检想了一下，说道：
“兵部增加一个军械司，专门负责火器等军械制造。”
“现在先准备起来，具体如何设置，等专督军械侍郎袁可立回京之后决定。”
“太仆寺卿可以在兵部右侍郎秦士文回京后，暂时由他兼任。”
这下兵部也满意了，军械司的职责明显不是车驾司能比的，损失一个车驾司，换来军械司能够接受。而且秦士文回京后兼任太仆寺卿，明显是让太仆寺作为兵部迁转机构，兵部再有不满，那就不像话了。