处理了太仆寺的事情，朱由检将太仆寺、太常寺的正六品寺丞提升为正五品，但是原有官员品级不变，改任同品级的正六品主事，让两寺和吏部选拔官员，担任正五品寺丞。
这下除了原本的寺丞变成主事有些不满，其他官员都很赞同。尤其是六部主事和员外郎，想着去担任寺丞也不错，至少级别升了、寺丞这个名字也好听。
考虑到太仆寺职权提升，太常寺如果不提升的话，排在它前面底气不足。朱由检将僧录司、道录司、祠祭司、文庙、城隍庙等和宗教祭祀有关的职能几乎全部划入太常寺，让太常寺的职权大增，重新有了底气。
同时，作为对礼部的安抚，朱由检规定太常寺成为礼部迁转机构，由礼部负责督导。并且在礼部新设礼乐司，负责祠祭司遗留下来的拟定谥号庙号等职能，并负责整理乐曲舞蹈、民间诗歌、戏剧曲艺，宣传精神文明，管理教坊司等。
新设教育司，负责全国文教，从仪制司分出贡举、学校职能，增加规范语言文字、传播汉语汉字、制定教科书、教师资格认定、学位授予等职能。
给仪制司增加规范地方法规、民间乡约、宗族家法、整理民间习俗和革除陋习等职能。
如此一来，礼部四个司除了主客司和精膳司外，祠祭司变成了礼乐司，仪制司职能变化，还新设了教育司。这种变动实在太大，让朱由检放下把主客司交给鸿胪寺的打算，决定把朝贡和外交事务仍旧留在礼部。精膳司因为和光禄寺职能相似，被他合并在一起：
“光禄寺卿从三品不变，原正五品少卿改任正五品寺丞、从六品寺丞改任正六品主事。礼部精膳司改隶光禄寺，精膳司郎中迁正四品少卿。”
“鸿胪寺多了朝会议事备案和廷推计票职责，正卿由正四品提升为从三品，原从五品少卿改任正五品寺丞、从六品寺丞改任正六品主事。”
“两寺其余少卿暂不任命，等主持乡试的翰林院官员回来再说。”
这样调整下来，光禄寺和鸿胪寺也能撑起从三品衙门。两寺低于大理寺、太常寺、太仆寺半品，仍能并称五寺。
这下光禄寺和鸿胪寺也满意了，毕竟部门级别提升，他们的权力增加不说，很多人还提升了品级。礼部的变动虽然非常大，职能也增加了许多，分出去的祠祭、精膳都是不重要的部门，增加的教育、礼乐都是很重要的部门。
尤其是听到光禄寺和鸿胪寺少卿要等翰林院官员回来任命，内阁大学士和礼部官员更是满意非常。这下内阁、礼部、翰林院一系清贵官员除了詹事府和国子监之外，又多了太常寺、光禄寺、鸿胪寺三个迁转机构，他们还能有什么不满？
如此一来，五寺的品级和职责尽皆完成调整，众人看着新鲜出炉的正三品或从三品正卿、正四品少卿、正五品寺丞、正六品主事、从六品从事、正七品知事，觉得确实规范许多。比以前乱糟糟的品级，更加一目了然。
朱由检看着调整后的五寺，同样也很满意。尤其是太常寺、光禄寺、鸿胪寺成为清贵迁转机构，能够给翰林官员一些锻炼机会。即使“清而不要、要而不清”，也不能让翰林官员一直坐冷板凳，要让他们积累一定的施政经验，才能在进入内阁之后，更好地辅佐自己。
对于其它部门，朱由检没有再调整。尤其是最核心的六部，朱由检对礼部之外的部门大多没有改动。他知道五寺这些边缘部门调整出错也没关系，六部若是出了问题，那就是影响全国的大事。在没有掌控全国权力之前，他不会随意改动，避免像建文皇帝那样乱改官制、让官员无所适从。